« On pollue notre intestin comme on pollue la planète »

Votre discipline a considérablement évolué depuis une ou deux décennies. Découvre-t-on vraiment un continent nouveau ? 

Oui, parce que la recherche sur les microbes (le microbiote intestinal) a été très longtemps limitée par nos instruments d’analyse. La biologie moléculaire nous a permis de faire un saut. Les générations précédentes savaient que les microbes jouaient un rôle important. Mais on étudiait seulement ceux que l’on était capable de cultiver. Or, on ne sait cultiver que 20 % d’entre eux. On a donc découvert l’immense diversité de ce microbiote. Le boom de cette révolution a eu lieu dans les années 1980-1990. Nous avons brusquement été capables de caractériser les différents microbes. Nous avons pris conscience de leur importance, de leur rôle essentiel dans nos organismes. 

Qu’avons-nous appris de ce rôle ?

Nous vivons en symbiose avec ces bactéries. Entre elles et nous, il y a du mutualisme : elles ne peuvent survivre que dans notre tube digestif et elles remplissent un rôle dans le développement de notre système immunitaire, notre système de défense. C’est parce que nous avons 100 000 milliards de bactéries dans notre microbiote que nous pouvons lutter contre des agents extérieurs agressifs. Les microbes apportent la diversité du monde et c’est cela qui développe le système immunitaire. 

Comment se forme ce microbiote en nous ?

L’intestin est stérile tant que le bébé est dans le ventre de sa mère. Lors de l’accouchement, le passage dans la filière génitale de la mère met le nourrisson en contact avec les microbes de celle-ci. Les microbes colonisent le tube digestif du petit par vagues successives. On considère que ce microbiote est instable durant les deux premières années. Mais, entre l’âge de 2 et 6 ans, le microbiote se stabilise, et il changera en principe assez peu au cours de notre vie. 

Peut-on dire que chaque individu possède un microbiote unique comme ses empreintes digitales ou son ADN ?

Oui, il est unique. Chaque microbiote a sa signature moléculaire. On pourrait imaginer une fiction où on retrouverait une personne par l’analyse de ses excréments et la caractérisation des microbes. Une prise d’antibiotiques modifiera le microbiote mais le système est résilient : autrement dit, la composition du microbiote reviendra à une composition très proche de son état antérieur une fois que le traitement sera interrompu.

Pouvez-vous nous rappeler les grandes étapes de notre digestion à la lumière des dernières découvertes ?

La première étape est celle de la mastication. Elle est importante pour deux raisons : le plaisir de la dégustation et l’appréciation des saveurs par le goût et l’odorat, et le broyage des aliments dans la bouche. Les mets sont mis en contact avec la salive qui contient des enzymes qui vont initier la première étape de la digestion. Puis les aliments sont déglutis et descendent dans l’œsophage en quelques secondes. C’est une plongée dans l’estomac. Là, les aliments pénètrent dans un milieu acide. L’estomac possède une très forte capacité de contraction. Les aliments sont broyés, mélangés. Des sucs et des enzymes commencent alors à les dégrader durant une à deux heures.

Et ce n’est que le début. 

Oui, ils franchissent alors le pylore et sont propulsés dans l’intestin grêle qui mesure plusieurs mètres. L’intestin grêle est une zone d’échange majeure. Les aliments y sont dégradés en d’infimes fragments pour devenir des nutriments, sous l’action de sécrétions provenant du foie, des voies biliaires et du pancréas. Les protéines, les glucides, les lipides, les vitamines, les minéraux et les oligo-éléments vont être absorbés par la paroi intestinale et dirigés vers la circulation sanguine ou lymphatique. Ils vont donc rentrer dans l’organisme au terme d’une opération qui dure de quatre à six heures. 

Les fonctions d’absorption sont favorisées par le fait que la surface de l’intestin est très importante. Il est composé de très nombreux replis, des villosités et des microvillosités. On estime que sa surface pourrait être celle d’un court de tennis ou d’un terrain de foot !

Les boissons passent-elles par le même chemin ?

Énormément de liquides transitent par l’intestin, avec un débit de l’ordre de huit litres par vingt-quatre heures dans la partie proximale de l’intestin. Ces liquides correspondent à ceux que l’on a ingérés (les boissons, l’eau contenue dans les aliments), mais aussi à des liquides produits par l’organisme (la salive, la bile, les sécrétions de l’estomac, du pancréas, etc.).

Quel est le rôle du gros intestin, le côlon ?

À la fin de l’intestin grêle, il reste des matières fécales, qui sont très liquides. Notre organisme a absorbé ce qui lui était nécessaire. Le travail du côlon va être d’éponger l’eau des matières fécales de façon à ce que les selles soient moulées en arrivant dans le rectum pour être ensuite expulsées. C’est dans le côlon que réside l’essentiel des bactéries. Ces bactéries sont présentes également dans l’intestin grêle, et elles jouent un rôle important dans notre système immunitaire, notre système de défense. 

C’est l’une des découvertes récentes.

Oui, nous disposons dans le tube digestif d’un système immunitaire particulièrement bien développé. Il est présent pour nous protéger contre des germes, des microbes pathogènes, c’est-à-dire nuisibles. Le système de défense présent tout au long du tube digestif peut reconnaître les agents agresseurs, et on attend de lui qu’il soit capable de les éliminer. Et puis il exerce aussi un effet barrière : des microbes qui pourraient être dangereux pour notre organisme ne parviennent pas à s’implanter dans le tube digestif parce que la place est prise par notre microbiote.

Les bactéries remplissent aussi des fonctions que nos cellules ne sont pas capables de réaliser, notamment des fonctions de fermentation en produisant des gaz qui nous sont indispensables. 

En quoi ces découvertes modifient-elles votre pratique ?

Nous savons désormais que le microbiote est impliqué dans le développement de maladies inflammatoires de l’intestin, et au-delà de maladies auto-immunes ou inflammatoires touchant d’autres organes. D’autre part, – et c’est une révolution conceptuelle – la composition du microbiote dans l’intestin influence par exemple l’efficacité de l’immunothérapie anticancéreuse dirigée contre des tumeurs qui ne sont pas dans l’intestin. Toutes ces découvertes nous montrent que le microbiote a un fort impact sur notre santé et soulignent l’importance de l’alimentation. C’est un sujet que les médecins abordent de plus en plus. 

Comment ?

Ces travaux montrent à quel point il faut respecter ce monde microbien et réfléchir aux aliments qu’on ingère. Les aliments sont d’origine vivante. Quand on nous propose certaines boissons, certains produits emballés truffés d’émulsifiants, de conservateurs, de colorants, il faut s’interroger : est-ce bon pour moi ? Quand on mange, on doit se poser la question du parcours de l’aliment depuis sa naissance jusqu’à sa présence dans notre assiette. Cela a un impact sur notre santé. Ce qui se passe dans nos intestins se passe aussi au niveau de la planète. C’est fascinant. On peut polluer notre intestin comme on pollue la planète, et réciproquement. Il est à coup sûr préférable de consommer des aliments qui ont été peu ou pas modifiés. Nous payons aujourd’hui le développement d’une industrie agroalimentaire qui a permis de nourrir le plus grand nombre. La réflexion qui s’impose à nous est là : comment sortir de manière progressive de ce piège ? 

 

Propos recueillis par LAURENT GREILSAMER

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