Entretien

« Nous sommes loin d’avoir tout compris »

Comment définir simplement le microbiote intestinal ?

C’est l’ensemble des micro-organismes qui vivent dans l’intestin. Mais le microbiote varie selon qu’on l’étudie dans le haut ou dans le bas du tube digestif. Dans le petit intestin, l’intestin grêle, vous êtes en présence d’oxygène, d’acides biliaires, d’aliments. La concentration de bactéries y est beaucoup plus faible que dans le côlon où l’environnement est complètement différent. Là, il n’y a plus d’oxygène, uniquement des résidus alimentaires, et les bactéries présentes ne sont pas les mêmes. Ce sont des bactéries anaérobies.

Combien avons-nous de bactéries dans notre microbiote ?

Il y a entre deux et dix fois plus de bactéries dans notre intestin que de cellules dans notre corps. Il s’agit d’une quantité absolument phénoménale. Si on met bout à bout le génome de ces bactéries, cela représente entre 100 et 150 fois le génome humain, ce qui signifie qu’il existe des capacités fonctionnelles dans ce microbiote qui sont considérables. Nous sommes loin aujourd’hui de les avoir complètement caractérisées et d’avoir tout compris, même si nous avons réalisé beaucoup de progrès ces dernières années.

Quelles sont les principales maladies de l’intestin liées au microbiote ?

La première est l’infection à Clostridium difficile. Cette maladie survient à l’occasion d’une détérioration du microbiote intestinal, souvent due à une prise d’antibiotiques. Beaucoup d’adultes sont des porteurs sains de cette bactérie, mais lors de la prise d’antibiotiques, elle se met à proliférer et provoque une infection qui peut être grave, voire mortelle. Cette maladie cause 20 000 décès par an aux États-Unis, et la France n’est pas épargnée. On ne parvient pas aujourd’hui à traiter la cause de cette pathologie, et on prescrit paradoxalement des antibiotiques. Dès la fin du traitement, les récidives chez les patients sont fréquentes. Pour ces infections récidivantes, on recourt à la transplantation fécale. Cela consiste d’abord à nettoyer l’intestin du patient et à lui administrer par les voies naturelles les selles d’un donneur sain, donc un microbiote intestinal sain.

Quelles sont les autres maladies et leurs caractéristiques ?

Il s’agit des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) : la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique. On considère aujourd’hui que ces affections sont liées à une anomalie du dialogue entre le système immunitaire et le microbiote. Le rôle du microbiote est avéré et important dans les MICI qui affectent en France plus de 200 000 personnes. Enfin, il faut aussi parler du syndrome de l’intestin irritable. Dans ce cas, les patients se plaignent de diarrhées, de constipation, de ballonnements, de douleurs au ventre, mais les examens ne décèlent pas d’anomalie. Cela ne veut pas dire que cette maladie n’existe pas, mais nous n’en comprenons pas l’origine. Le rôle du microbiote intestinal joue probablement un rôle chez certains patients. 

Peut-on définir le microbiote idéal ou normal ?

C’est une vraie question : nous sommes actuellement incapables de définir ce qu’est un microbiote normal ! De nombreuses recherches sont conduites en laboratoire et par des start-up sans résoudre pour l’instant les problèmes posés. Nous savons analyser, nommer les bactéries présentes, mais nous ne connaissons pas la majorité de leurs fonctions.

En revanche, nous savons que ce qu’on appelait autrefois la flore intestinale est conditionnée par notre patrimoine génétique et, surtout, par des facteurs environnementaux. Ces derniers comprennent, entre autres, la manière dont nous sommes venus au monde (voie basse ou césarienne), notre alimentation, les médicaments que nous prenons, les infections intercurrentes, nos addictions, notre âge, nos voyages… Chacun peut constater qu’il peut être atteint de ce qu’on appelle la tourista lors de voyages lointains. Il ne s’agit pas d’une maladie ; c’est seulement le fait d’avoir changé d’environnement. L’eau, les aliments ne sont pas exactement les mêmes, et notre microbiote réagit à ces nouvelles données.

Que conseilleriez-vous pour améliorer son microbiote ?

Les recommandations de base sont simples et visent en réalité à maintenir le microbiote en bon état. Il faut avant tout éviter de l’agresser. Vous devez donc en priorité ne pas prendre d’antibiotiques à tort et à travers et écarter de votre alimentation les produits alimentaires transformés, les plats cuisinés (la cuisine industrielle riche en additifs, édulcorants, agents conservateurs). En revanche, il faut manger en grande quantité et diversité des fibres que vous trouvez dans les fruits et légumes. Ce sont ces apports en fibres qui vont assurer la richesse du microbiote. 

 Propos recueillis par LAURENT GREILSAMER

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